杨坚即皇帝位，建立隋朝，三天后即册独孤伽罗为皇后。独孤皇后通达书史，聪明过人，每次隋文帝上朝，她必与之同辇而行，至殿阁而止，派宦官跟随而进沟通联络，“政有所失，随则匡正，多有弘益”。待到文帝下朝，她早已在等候，夫妻“相顾欣然”一起回宫，同起同居形影不离。在平常生活中，她一有闲暇便手不释卷，学问不凡，隋文帝对这位爱妻是既宠爱又信服，几乎是言听计从，宫中同尊帝后为“二圣”。所以，开皇年间的政治决策，很难分得清哪些是隋文帝的主意，哪些是独孤皇后的的主意，而她的政治影响力也不仅限于影响隋文帝而已。
高熲父亲原来是独孤信家的宾客，在独孤家落难时，高家依然和独孤皇后保持了亲密的联系，高熲的才干和品德，都很得独孤皇后赏识，故大力推荐给隋文帝。所以，当隋文帝建隋之初，就立即委以重任，而高熲位居首辅十余年，经历多次政治风浪，始终履险如夷、不动如山，一个最重要的原因就是他有独孤皇后这一坚强靠山，以至隋文帝把他当家人看待。高熲地位的稳固，对隋朝具有重大的意义，换言之，高熲能够在复杂的政治局面下最大程度地施展抱负、发挥才干，固然有赖于他强大的个人能力，但是，独孤皇后在宫中的支持与协助，应当也是重要因素。
独孤皇后在废长子皇太子杨勇，立次子晋王杨广的储君决策问题上，发挥了关键性作用，隋文帝夫妇曾对长子皇太子杨勇寄予了很大的期待，但杨勇向来行事率性、不拘小节，与隋文帝夫妇一贯严正的作风相冲突。杨勇喜好声色，而东宫没有嫡子，尤其是不善待太子妃，引起了独孤皇后强烈不满，杨勇这一系列行为，严重违背了独孤皇后重视嫡长、重视世家门阀联姻关系、保证宗法权力的稳定过渡的政治理念，其后太子妃暴死更是加深母子裂痕，独孤皇后开始虑及身后权力转接的大政。
夫妻俩向来喜爱的次子晋王杨广，才智出众、素有抱负，杨广不仅在平陈统一战争中表现突出，之后在镇守江南期间为稳定刚刚统一的江南局势颇有成效、政绩突出。杨广“阴有夺宗之计”，苦心经营多年，他虽位高权重，但始终表现得作风简朴、不好声色、礼贤下士、谦恭谨慎，由此赢得了朝野赞颂和隋文帝夫妇的欢心。在皇太子和晋王表现此消彼长的权衡下，独孤皇后终于狠下心来，利用自身强大影响力，策动了开皇世的易储大政，上以动至尊视听，下以揽权臣智力，竭其权智终至完成其“外预朝政”的最大之作，从而导致富强的隋朝二世而亡，因此不少史家学者，也把隋亡责任归咎给独孤皇后。
独孤皇后于永安宫奄然而逝，这对垂暮隋文帝的打击是毁灭性的，她的死标志着其大展宏图时代的结束，皇后崩年五十九，“年过五十不称夭”，在当时社会条件下也不算低寿。然而时年六十二岁，和她整整做了四十五年夫妻的隋文帝，仍像个热血冲动的热恋少年，纵情而放肆地追怀着他深爱的妻子，其用情之深、思恋之苦，实在让人不忍卒读。
也许是皇后从病发开始起，隋文帝早已失魂落魄得人尽皆知，皇后刚刚去世，非常善于把握上意的着作郎王劭立刻上书安慰文帝称：皇后是圣德仁爱的观世音菩萨下凡，她的死亡只是在诸天神佛的迎接中归位而已，隋文帝读后，“且悲且喜”。另一位天竺高僧同样声称皇后是被诸神佛迎接到西方阿弥陀净土，悲喜交集的隋文帝激动之下赐物两千余段。这种数额的赏赐一般只有身死王事、忠义节烈立下巨大功劳的人才能得到，要何等深厚的恩爱之情，才会让他傻傻地用这种不经之语来麻醉自己。
独孤皇后的丧事规格之高，是异常罕见的：皇后丧事由尚书左仆射杨素亲自负责。杨素不仅要统筹安排丧葬各项事宜，而他身为宰相居然带着人马日晒雨淋，亲自到荒郊野外之中为皇后寻找福地。不仅如此，选好地址为皇后建设山陵时，杨素始终坚持在第一线，凡事亲力亲为、辛苦不已，连隋文帝都被他感动了。隋文帝后来在表彰杨素的诏书中称，杨素为皇后寻访山陵办后事的功劳，比他南征北战平戎定寇的功绩还重要。
独孤皇后去世才一年多，丧妻后失魂落魄精神不振的文帝也一病不起了，临终前，时日无多的老皇帝温柔地抚摸着皇太子的头，对负责营建山陵的大臣何稠，又似嘱托又似自白说了这样一段话：“你曾经安葬了皇后，如今我也要死了，你同样要用心安置，嘱咐这么多是为什么呢？只是因为忘怀不了皇后啊！如果灵魂真的有知觉，一定要让我们夫妻在黄泉之下团聚。”文帝去世后，根据其遗愿与皇后合葬。
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