总商会的通电说得好：“前年首义，海内响应，人民苦于专制，急求改革，不惜牺牲生命财产，克成共和。窃谓宋案审判于法庭，借款、选举取决于议院，自有法律为范围，岂尚血气为胜负。商人在商言商，不知附和，若有所破坏而无建设，乱靡有定，胡所底止。”云城蔡将军，不愧为反对专制统治的英雄，当时就毫不含糊地公开声明：“查宋案应以法律为制裁，故审判之结果如何，自有法律判决。试问我国现势，弱息仅存，邦人君子方将戮力同心，相与救亡之不暇，岂堪同室操戈，自召分裂!谁为祸首，即属仇雠……
万一有人发难，当视为全国公敌，锷等才力纵薄，必不忍艰难缔造之民国，破坏于少数使用佥壬之手也。”佥壬即无耻小人，中国真正的民主人士毫不含糊地表达了自己的不同意见。这不是战争，这是一次绝望的挑衅，而已。7月16日，陈其美任上海讨袁军总司令，又一次率领青帮兄弟攻打江南制造局。和1911年那次攻打江南制造局相比，陈其美麾下的人数上不知多出十几倍，然最有战斗力的光复军却已经被陈其美消灭了，队伍也没有往日的那种正义的底气了。
陈其美、刘福彪、钮永建等率领七千五百人，自7月22日夜间起攻打制造局。在这支队伍中有许多日本人参加，说是“友人”，实为职业军人，这也许是近代史上日本职业军人第一次加入到中国的内战来。当陈其美首次攻打制造局时，海军总司令李鼎新恪守中立。1912年12月4日海军总司令黄钟瑛病逝，海军总长刘冠雄保举李鼎新接任。
12月11日李鼎新任海军总司令，并晋授为海军中将，海军总司令部驻上海高昌庙。这时，袁世凯的心腹海军中将郑汝成到来责问。李鼎新很坦率道出自己的顾虑，一是军费，二是日本国有加入迹像。郑汝成立刻电告袁世凯。英国人看到日本人已经加入中国的内战，它的反应一反以往，以极快的速度立即将袁世凯《善后借款合同》中的大量资金，直接送交李鼎新。英国人坚决而果断的举动，李鼎新当然懂。此后李鼎新再不敢踌躇，即到海筹号军舰中，命令中国海军加入。海军的这种变化，是陈其美等人没有想到的，它打破了孙原来预定的计划，也打破了黑龙会的计划。
黑龙会在海军司令部里有卧底，他们的原先的判断是海军将保持中立，不参加地方上的军事冲突。他们以前所有的情报都是建立在这个基础上。所以，他们敢冒天下之大不韪，认为胜者王侯败者寇的时代到了，人民心里已经没有了秤和方寸，只崇拜强者。第一次起义的现象会历史性的重演。各地会纷纷响应，纷纷独立。
推翻了民国后，一定再会选孙做庄家的。一步错，步步错。自此，战局发生了逆变。在黄埔江上游弋多时的海军军舰，终于开始向进攻制造局的沪军开炮，协同驻守制造局的郑汝成退击了陈其美、刘福彪、钮永建等人轮番进攻。而跃跃欲试的日本军舰，在英美海军的严密监视下，还是不敢轻举妄动。
他们也发出密令：小心走火。军舰是“二次革命”的重头戏，它的偃旗息鼓，让夺权计划彻底流产了。东方不亮西方亮。陈其美还是不放心！7月25日，青帮以游兵散勇的形式，来到地方检察厅，持枪威吓，竟将所有讼案缴款，及存案物件，抢掠一空。这还不算，狱官吴恪生陪同应桂馨一起出狱，各犯亦乘势脱逃。城内秩序大乱，巡警亦无法拦阻。
7月28日，陈其美等人号召残军，且延聘日本炮兵，作最后的攻击。这次猛战，比前四次尤为剧烈。他们既围攻制造局，用火炮轰击制造局，而且“围点打援”，轰击前来救助的兵舰。炮兵技术精湛，炮弹所向，极有准则，竟把海筹号巡洋舰，击一窟窿。海筹号巡洋舰是一艘具有历史意义的兵舰。
原是大清帝国海军巡洋舰队主力，与海容舰、海琛舰均为海容级巡洋舰。这是大清帝国向德国伏尔锵造船厂订造的装甲巡洋舰，于1898年8月24日抵达天津大沽，为海容级巡洋舰。1911年11月14日，海筹号巡洋舰在舰长黄钟瑛的带领下宣布起义。1911年11月20日，在武汉江面上，海筹号巡洋舰主炮发了第一发炮弹，猛烈的集火射击开始，把清兵的运输枢纽打得一片火海，给了清兵毁灭性的打击。中华民国成立后，海筹号巡洋舰担负起保卫国家领土和领海的完整。这次，海筹号巡洋舰中弹后，鉴于日国加入的迹象，李鼎新命令海军的回击。
海军的猛烈回击，让陈其美等人以失败告终。数日后，上海起义失败的部分领导人在吴淞口，向吴淞炮台进攻。吴淞炮台在光复中华的辛亥革命中保持了中立，因为它牢记这是国门，保卫祖国、不参加内战是它唯一的宗旨。这次，海军的加入（尽管是偷偷摸摸的，这也是陈其美惯用的手法），但是在保家卫国神圣的职责号召下，吴淞炮台给予来犯之敌予以狠狠回击。在吴淞炮台猛烈的回击下，上海“二次革命”的领袖们，跟着陈其美慌不择路地登上日本的军舰，仓皇逃亡日本。8月3日，所谓的“二次革命”已露败相，孙中山和胡汉民等人再次东渡，逃离中国，和陈其美等人回合。湖南都督谭延闿，是辛亥革命积极参与者，对二次革命一直持反对态度，被逼迫才于7月25日宣布独立，十几天后的8月13日就宣布取消独立。湖南军界推举首义“三武”之一的蒋翊武为总司令，倡言北伐，首拟攻取荆、襄，开一出路，遂调动澧州、常德一带军队，进击荆属石首、三安二县。
9月17日袁令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰驶入岳州，派第三师曹锟部进驻岳州，又以袁系的卅九混成旅旅长伍祥祯为岳州镇守使。这样一来，湖南便完全落入袁的掌握中。袁世凯仍然施借刀杀人计，命黎元洪兼领湘督，黎元洪当然不会中计，敬辞大命；袁乃请黎荐人自代。黎元洪自然不会推荐与袁世凯无关的人，他觉得汤芗铭是袁世凯的死党，又是湖北人，黎元洪和汤的长兄汤化龙又是老朋友，因此顺水推舟保荐了汤芗铭为湘督。此时蒋翊武又到广西全州运动桂军，不幸被执。
9月9日，袁世凯接电后即电令将蒋翊武“就地枪决”。全国复归平静。10月6日，国会选举袁世凯为正式大总统。10月10日，在起义的第二年的纪念日，袁世凯在北京举行了总统就职典礼。同日，黎元洪在武昌举行了副总统就职仪式。10月20日，在青岛德租界避难的应桂馨，大摇大摆来到北京。也来个“二次出击”！
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